El juego sigue la historia de Reisalin Stout, una chica que vive en la isla Kurken en busca de aventuras. Un día de verano, encuentra un bote de remos abandonado y se aventura al continente con sus amigos Lent Marslink y Tao Mongarten.
En el camino, salva a la hija de un comerciante ambulante y conoce al alquimista Empel Vollmer con su compañera Lila Decyrus, lo que inicia a Ryza en el camino del aprendizaje de la alquimia y sus aventuras interlineales y pronto descubre la verdadera verdad sobre su hogar.